前面几期我们介绍过分子对接的相关内容：包括ledock对接、covelent dock共价对接、pyrx(内核autodock4、vina)对接。这其中我用的例子都是有机分子，那么同样的方法适用于金属络合物吗？显然不是，至少不全是… 本期我们就介绍一下在AutoDockTools中实现金属络合物对接的方式。
1.设置工作目录
File->Preference->Set... 对接过程输出的结果默认保存在设置的工作目录中
2.准备受体
读入文件 File->Read Molecule去氢(如果蛋白本来就没氢可能会报错，不用担心可继续向下操作) Edit->Delete->Delete Hydrogens加氢（加全部氢） Edit->Hydrogens->Add计算电荷 Edit->Charges->Compute Gasteiger将原子类型名称转变为autodock4所能识别的 Edit->Atoms->Assign AD4 type导出为pdbqt格式 File->Save->Write PDBQT鼠标选中左侧的蛋白条目，右击Delete删除（后面对接时需要读入刚刚保存的pdbqt文件，为了避免名称混乱所以先删去）
3.准备配体
读入配体分子文件Auranofin.mol2。 Ligand->Input->Open
检测配体分子可旋转键的root Ligand->Torsion Tree->Detect Root
调整/自定义配体可扭转键 Ligand->Torsion Tree->Choose Torsions
注意：shift加左键点击绿色的键，颜色变紫则表示此键已设定为不可旋转。紫色键通常是双键或肽键等不可扭转的键，红色键通常表示芳香键。
加氢(只添加极性氢,此例该络合物无极性氢，所以看上去好像没做这一步) Edit->Hydrogens->Add
导出为pdbqt格式 Ligand->Output->Save as PDBQT鼠标选中左侧配体分子条目，右击Delete删除。
4.autogrid
打开蛋白pdbqt文件 Grid->Macromocule->Open打开小分子pdbqt文件 Grid->Set Map Types->Open ligand设置盒子信息 Grid->Grid Box
盒子信息可以通过pymol插件获取盒子信息，手动计算出盒子质心（-32, -12.25, 0.75）
保存盒子信息 在Grid Options对话框中File->Close saving current输出gpf文件 Grid->Output->Save GPF(后缀名手动补全)
关键一步👇👇👇
用文本编辑器打开刚刚保存的dock.gpf文件。在文件第一行插入如下内容：
parameter_file AD4_parameters.dat # force field default parameter file
解释一下：AD4_parameters.dat是同时存在工作目录下的文件，这里面包含了几种常见金属离子的参数（Au原子也在其中）
运行autogrid Run->Run Autogrid
在弹出的对话框内Parameter Filename一项选择刚刚保存的*.gpf文件，点击Launch运行（一段时间后工作目录中出现glg文件及多个map文件）。
5.Docking
打开蛋白(pdbqt格式) Docking->Macromocule->Set rigid Filename打开配体分子（pdbqt格式） Docking->Ligand->Open设置Docking算法 Docking->Search Parameters->Local Search Parameters (Local Search更快; Genetic Alogorithm更精准)设置Docking对接参数 Docking->Docking Parameters (默认参数即可)Docking导出为dpf对接参数文件 Docking->Output->Local Search (保存dpf文件时一定要添加后缀名,和保存gpf文件时一样）
关键一步👇👇👇
用文本编辑器打开刚刚保存的dock.dpf文件。在文件第一行插入如下内容：
parameter_file AD4_parameters.dat # force field default parameter file
对接 Run->Run AutoDock （Parameter Filename选择刚刚保存的dpf文件）
查看对接结果 Analyze->Dockings->Open 打开上一步生成的dlg文件(即结果文件)Analyze->Conformations->Play 查看对接结果构象
保存所有结果到pdbqt文件
注意： 如果想用pymol查看结果，需得将输出的pdbqt格式文件转为mol2格式，因为pymol对pdbqt格式支持不好，很容易出现配位键断裂的情况。